Akira Todo, seorang siswa SMP yang tinggal di Okinawa bersama kakaknya, Haruka, dan ibunya, menjalani kehidupan yang tenang. Namun, keluarganya menyimpan sebuah rahasia besar. Haruka mewarisi kekuatan misterius bernama “Engine” dari ayah mereka, sementara Akira tidak memiliki kekuatan tersebut dan merasa minder karenanya.
Suatu hari, gangguan komunikasi terjadi di seluruh dunia dan keadaan mulai berubah menjadi kacau. Ketika ancaman misterius semakin mendekati mereka, Haruka berusaha melindungi Akira dengan membangkitkan kekuatan “Engine” yang selama ini ia sembunyikan.
Pertarungan yang akan menentukan nasib Bumi pun akhirnya dimulai.
